现代中国人体质特征可分为南北两大地区类型。这两大类群的形成历史可追溯到全新世的新石器时代，甚至更新世晚期。南京直立人头骨的发现使我们有可能将其与北方的周口店直立人头骨作比较，以考察在直立人生活时期中国南北人群之间究竟有无体质上的差异。比较结果表明，南京1号头骨与周口店直立人头骨之间有许多相同的形态特征，表现在：低颅、长颅、宽颅的头型样式；低的颅盖；颅骨最大宽位于乳突上嵴水平；具有上颌沟；发育有眶上圆枕；额骨、顶骨、枕骨3者以额骨为最长，顶骨为最短；额骨低平、后倾；枕骨矢向曲度大；枕骨圆枕发育、上枕鳞比下枕鳞短；枕内、外隆突距离大；顶骨发育有角圆枕；头骨骨壁较厚。这些特征几乎全是直立人共有的特征，表明南京1号头骨是属于直立人。但南京1号头骨有不同于周口店头骨的特征，如浅的眶上圆枕上沟、不呈发髻状的枕骨水平轮廓、较短的面部、特宽的鼻型、接近低眶型的眶型。南京1号头骨的这些不同于周口店头骨的特征，却与南方的和县直立人头骨以及爪哇直立人头骨的相近，提示了中国人群南北两大类型的形态差别可能早在南京直立人生活时期已显出端倪。